CMD から 実行可能スクリプトを実行する

…ことはできないので、
.bat を付加した名前でバッチファイルを作る。
たとえば fairlatex.rb なら、

@echo off
e:
ruby e:\mydoc\bin\fairlatex.rb %1 %2 %3 %4 %5

これをパスの通ったディレクトリに置けば、fairlatex.rb という名前で実行できる。