Graphviz

http://www.graphviz.org/
ネットワークの可視化。
ノード間の接続を dot 形式で記述し、変換器 dot によって画像にする。
配置アルゴリズムは、JUNG[2005-10-04-6]でも実装が提供されている Kamada-Kawai 法など。
ソース --[変換器]--> 画像
というやり方は、印刷用、結果表示用に向いている。
実際、SVGなど多くの形式をサポートしていて、形状、色のカスタマイズも容易。

軸のあるグラフを書くときに gnuplot を使うような感じで、使えばいいのかな。